Mit Kriegsende 1945 erlitt das Museum einen schweren Schlag. Das Museumsgut wurde restlos durcheinandergebracht, teilweise geraubt oder zerstört. Ungeachtet dieser Schäden erging seitens der sowjetischen Bezirkskommandantur im Jahr 1946 der Befehl, das Heimatmuseum wieder zu eröffnen.

Der Museumsleiter Willy Westphal (Max Rehberg war im Dezember 1945 verstorben) äußerte daraufhin seine Bedenken, da die Aufräumarbeiten noch nicht abgeschlossen waren, keine regelmäßigen Öffnungszeiten gewährleistet werden konnten und zudem die finanziellen Mittel für die Bezahlung von entsprechendem Museumspersonal nicht zur Verfügung standen. Dennoch erfolgte die Eröffnung des Museums am 01.08. 1946.

Im November desselben Jahres wurde Willy Westphal mitgeteilt, dass er aufgrund seiner ehemaligen NSDAP-Mitgliedschaft nicht mehr in seiner Position arbeiten dürfe. Seine Nachfolge trat Erwin Muhlak an und nach seinem frühen Tod übernahm dessen Frau Lisbeth bis 1954 die Museumsleitung. 

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